לאחר שגורמים שונים במשק הביעו את התנגדותם הנחרצת למיזוג חברות התעופה אל על (סאן דור) וישראייר, בטענה שהמיזוג יביא את החברה המאוחדת להפסיק את הטיסות לאילת ויאפשר בכך לארקיע לעלות את מחירי כרטיסי הטיסה, הצטרפה גם ארקיע עצמה למאבק.
ניר דגן, מנכ"ל ארקיע פנה ליו"ר ועדת הכלכלה, איתן כבל, וקרא לעצור את המיזוג, שנמצא על סף החלטה של הממונה על ההגבלים העסקיים. " עמדתנו היא כי אישור המיזוג בין אל על לישראייר יפגע דרמטית בענף התעופה הישראלי, יחסל את התחרות בשוק הישראלי ויגדיל באופן משמעותי את יוקר המחיה בישראל."
דגן מתייחס בעיקר לנושא שירותי הביטחון שארקיע מחויבת לקבל מחברת אל על בלבד: " אל על מנצלת , בחסות המדינה, את כוחה המונופוליסטי בתחום אספקת שירותי הביטחון . רק בשנת 2017 פגעה אל על ב-64 מטיסות ארקיע בטענות שונות ומשונות והביאה לביטולן או להעברתן לחברות זרות. מועדי טיסות רבות אחרות שונו על פי החלטת אל על , אשר כידוע הינה מונופול מוכרז בתחום זה, תוך פגיעה בציבור נוסעי ארקיע ובמוניטין החברה", נכתב ע"י מנכ"ל ארקיע.
דגן מציין כי ארקיע מתכננת השנה לטוס לתאילנד והודו ונאלצת לבקש רשות מאל על, בהיותה ספקית שירותי הביטחון, המתחרה שהיא המונופול בקו. " אל על היא מונופול מוכרז בקווי תעופה רבים, לרשותה עומדים כיום כ-40 מטוסים ועוד 5 של ישראייר בהשוואה לארקיע שלה 8 מטוסים . יחס הכוחות גורם לעיוותים משמעותיים בשוק התעופה, עוד קודם למיזוג", הוסיף דגן במכתבו.
"הדבר יביא לחיסול סופי של התחרות באמצעות שיתוק ארקיע, וחזרה למצב ההיסטורי שבו חברת תעופה ישראלית אחת בלבד מעניקה שירותי תעופה בינלאומיים. התוצאה תהיה קטלנית: מחירי הטיסות יעלו, קווי טיסה שאינם לאירופה לא ייפתחו, התחרות תיפגע דרמטית באמצעות צמצום מגוון יעדי הטיסות והיקפן והאזרח הישראלי ייצא נפסד." סיכם מנכ"ל ארקיע.
מאל על נמסר בתגובה כי מדובר בטענות ממוחזרות שנבחנו ונדחו בעבר על ידי רשות התעופה האזרחית (רת"א). "עיתוי העלאת הטענה בפני הכנסת עכשיו, מלמד על היותה חלק מקמפיין תקשורתי שמנהל מונופול ארקיע באילת מזה מספר חודשים, בניסיון למנוע את הליך המיזוג של אל על וישראייר. כשכלו כל הקיצין, פנתה ארקיע לכנסת".