60 אלף ישראלים טסו עד כה בחברת התעופה פגסוס איירליינס מאז התחילה פעילותה בישראל, ב-18 ביוני 2012. בתחילת דרכה הפעילה החברה 6 טיסות שבועיות מתל אביב לאיסטנבול ובעונת החורף 2012-2013 נוספה טיסה נוספת לשירות הנוסעים.
בשל הדרישה ההולכת וגוברת בקרב קהל הלקוחות החליטה חברת התעופה פגסוס איירליינס להוסיף טיסות נוספות והחל מ-5 במאי תפעיל החברה 2 טיסות יומיות ו-14 שבועיות בקו תל אביב איסטנבול.
70% מהנוסעים הישראלים קיימו טיסות המשך מאיסטנבול למגוון יעדים באירופה, שהפופולאריים מביניהם: פריס, אמסטרדם, ברלין, מינכן, לונדון ומילאנו.
החברה טסה ל 62 יעדים מתוכן 30 יעדים בטורקיה ו -32 יעדים נוספים לאירופה ומדינות חבר העמים. לחברת פגסוס צי מטוסים הכולל 44 מטוסי B737-800 חדישים (צי המטוסים החדיש ביותר בטורקיה ומבין החדשים בעולם) ולאחרונה חתמה על עסקה בשווי 12 מיליארד דולר עם יצרנית המטוסים איירבוס לרכישת 100 מטוסי איירבוס A321NEO חדישים.
עד כה ביצעו סוכני הנסיעות הזמנות דרך מערכת ההזמנות האינטרנטית הייחודית של חברת התעופה, דרך מערכת אמדאוס והחל מחודש אפריל 2013 ניתן יהיה לבצע הזמנות גם דרך מערכת סייבר.
מחיר כרטיס טיסה בחברת התעופה פגסוס כולל כבודה במשקל 20 ק"ג ותיק יד בגודל הסטנדרטי במשקל של עד 8 ק"ג. ניתן להזמין ארוחה מלאה, כולל אוכל כשר בתשלום דרך אתר האינטרנט מראש או לרכוש ארוחה קלה במטוס.
חברת התעופה פגסוס איירליינס זכתה במקום הראשון מבין חברות הלאו קוסט הפועלות באירופה בקטגוריה "איכות וטעם".